書き込み方法による 動作不良

（２）をトライしたときにMDピンはRFP使用中はずっとLowを継続させていますか？途中でHighにしてはダメなようなことを別の書き込みで見た記憶があります。

ごめんなさい
同じ投稿が2回 飛んでしまいました

解決ではないのです
(2)MDピンは LOW継続、 書き込みも正常に終了しますが
動作が 正常ではないのです

(3)エミュレータ外して (2)実行。
1度 E2Studioで書き込んだマイコンについては その後 動作OK
どうして (2)なら動作不良をおこすのか？ その差分を知りたいです

ごめんなさい
同じ投稿が2回 飛んでしまいました

解決ではないのです
(2)MDピンは LOW継続、 書き込みも正常に終了しますが
動作が 正常ではないのです

(3)エミュレータ外して (2)実行。
1度 E2Studioで書き込んだマイコンについては その後 動作OK
どうして (2)なら動作不良をおこすのか？ その差分を知りたいです

（２）の条件、USBブートはつながるけど失敗するということでしょうか？

E2studioで繋いだ後にEraseALLをした後ならかけると書いてありましたね。Flashセキュリティ保護動作とか？

＞USBブートはつながるけど失敗するということでしょうか？
--> いいえ 正常に接続、書き込みができます
書き込みができないことが問題ではなく、その後通常起動で 正常に動作できません

ところが 1度 E2Studioで書き込んだ基板では
同様に Renesas Flash Programmer での 書き込みでも 通常起動 正常動作できるのです

RFP + JTAGでHEXファイルを書いた場合は正常動作しますか？

・JLINK + Renesas Flash Programmer
--> ブロック消去はできますが プログラム書き込みで失敗します
・JLINK + SEGGER J-Flash Lite
--> 正常に書き込みまで終了します。
     が 通常起動、動作不良です

HEXファイルに問題があるという線。

私はSCIブートにより書き込みができる回路基板を最近RA6T2で作りました。JTAG（E2 Lite）でデバッグ、FRPをSCIブートからSRECファイルの書き込みに成功しています。外部に水晶がついてさえいればRXと違ってMD＝LowでSCIとUSBは同時に機能するので私のところとブートモードという点では大きな違いはないと思います。

「通常起動、動作不良」の意味がよくわかりません。起動しているけど動作が異常だということでしょうか？

「通常起動、動作不良」の意味がよくわかりません。起動しているけど動作が異常だということで
--> そうです。 どこかで止まっているようです
1度でもデバッグをしたマイコンに対しては
Renesas Flash Programmer でHexファイルを書き込んだ後に  正常に動作するのです
デバッグ時に何かしら おまじないされたような そんな感じです

だとすると簡単なプログラムでは起こらなそうですね。

まさかHEXとデバッグでビルドした構成が違うとかはないでしょうか？RAはビルド構成が通常２つ用意されるので気になりました。例えば、編集している間に構成に差が出て、マクロで処理が通らない部分が片方にあってそれがネットワークアプリケーション内部で使うためのFlashROM領域で一度だけ初期化されるような使い方がされるとかです。

構成はデバッグのみで使用しています
どうやら 動作不良時は ネットワークの構成等 イニシャライズがすべてSuccessで戻ってきているにも関わらず
PCとTCPIP通信ができない 。PINGさえも通らない
という状態に陥っているようです

明らかに違いがありそうですね。ネットワークのスタックに何かライセンスで制限とかあったりしませんか？評価しかできないなど。

１つ提案ですが、

・デバッガでFlashROMを書いたボードのROMをRFPで読み込む

・FRPでUSBブートを使ってHEXを書いたボードのROMをRFPで読み込む

この二つのROMデータをHEXDUMP等で比較して違いが出るかをまずチェックするのがいいように思います。JLinkを使っているとのことですのでROM読み込みはRFPではなくJ-Flashを使っても良いかもしれません。