stlと申します。
TXD1_AやTXD9_Bなどの_Aや_Bなどの接尾語はどういう意味なのでしょうか？
また、接尾語のアルファベットが異なっても、端子名が同じであれば、同じ機能として使用できると思ってよいでしょうか？
マニュアルには以下のように書かれていました。
「端子名には、_A、_B、_C、_D、_E、および_F という接尾語が付加されています。これらの接尾語は、機能の割り当て時には無視できます。」
その部分は「所属グループ」という名称になります。
ハードウェアマニュアルには所属グループということと電気特性がグループごと違い説明されていることが書かれているのみですが、私の理解は各機能ピンは複数のピンに割り当てられるけど、いくつかのピンの電気的な特性が異なるので電気特性を確認する際に所属グループを使って確認できるようになっているのだという認識です。I2Cとかでは電流のドライブ能力によって扱える通信速度が違うので所属グループを統一する必要があるでしょうけど、SCIをUARTとして使う分には所属グループが混在しても問題はないと思います。
RA2E1の「Renesas RA2E1 グループユーザーズマニュアル ハードウェア編」の資料には、所属グループという単語が出てこないのですが、どのマニュアルだと所属グループの説明があるのでしょうか？
Anonymousになっていますが、こちらは私のコメントです
RA6T2ではそういう説明がありますが、他の型番はないみたいですね。「RAマイコン 所属グループ」で検索すると他の型番でも使っているけど、ドキュメント上では統一して使っていないみたいですね。だとすると電気特性の説明の書き方が信号名やピン番号で行っていると思いますので電気特性を探すときに信号名やピン番号で探すだけの話になりますね。
お答えいただきありがとうございます。
RXでは、SCIは、TXを_A, RXを_B等、混在した設定が可能です。それに対し、SPIは、MOSIを_Aにした場合は、MISOなども_Aを使わないといけない制約があります。
RAは、その様な制約がなく、自由に組み合わせ（MOSI_AとMISO_Bを組み合わせて使用）出来ますね。
基本的には、_A, _Bは気にしなくて良いと思います。
以下、感覚的な話となりますが、CLOCKとDATA（I2CのSCLとSDAとか、SPIのRSPCKとMOSI, MISO）のペアは、最終的にはFF（フリップフロップ）回路のCLOCKとDATAにつながります。この、CLOCKとDATAのペアは遅延時間（＝配線長）が揃っている事が望ましいです。（FFには、CLOCKとDATAの2者間のセットアップ時間、ホールド時間の制約があり、高速になればなるほどCLOCKとDATAの「タイミング差」に対しシビアになります。）
よって、隣り合う端子（_A同士, _B同士）を使った方が、気持ち的には有利な気がします。
但し、マイコンの場合は、I/O端子からFFまでは多数のセレクタやバッファが入るので、あまり気にしても仕方ない（物理的な距離が離れた_Aと_Bのペアで使用しても）、それ程ポイントにはならないのだと思います。（そもそも、マイコンで取り扱う通信インタフェースは、通信速度があまり速くない。）
RX621ですと、ピンの切り替えでＡとＢが有ります。
RX62Nグループ、RX621グループユーザーズマニュアル ハードウェア編（R01UH0033JJ0140 ）
の６６４頁 17.1.2.22 ポートファンクションレジスタF（PFFSCI） です。
RAの場合、制約はないようですね。