stlと申します。
TXD1_AやTXD9_Bなどの_Aや_Bなどの接尾語はどういう意味なのでしょうか？
また、接尾語のアルファベットが異なっても、端子名が同じであれば、同じ機能として使用できると思ってよいでしょうか？
マニュアルには以下のように書かれていました。
「端子名には、_A、_B、_C、_D、_E、および_F という接尾語が付加されています。これらの接尾語は、機能の割り当て時には無視できます。」
RXでは、SCIは、TXを_A, RXを_B等、混在した設定が可能です。それに対し、SPIは、MOSIを_Aにした場合は、MISOなども_Aを使わないといけない制約があります。
RAは、その様な制約がなく、自由に組み合わせ（MOSI_AとMISO_Bを組み合わせて使用）出来ますね。
基本的には、_A, _Bは気にしなくて良いと思います。
以下、感覚的な話となりますが、CLOCKとDATA（I2CのSCLとSDAとか、SPIのRSPCKとMOSI, MISO）のペアは、最終的にはFF（フリップフロップ）回路のCLOCKとDATAにつながります。この、CLOCKとDATAのペアは遅延時間（＝配線長）が揃っている事が望ましいです。（FFには、CLOCKとDATAの2者間のセットアップ時間、ホールド時間の制約があり、高速になればなるほどCLOCKとDATAの「タイミング差」に対しシビアになります。）
よって、隣り合う端子（_A同士, _B同士）を使った方が、気持ち的には有利な気がします。
但し、マイコンの場合は、I/O端子からFFまでは多数のセレクタやバッファが入るので、あまり気にしても仕方ない（物理的な距離が離れた_Aと_Bのペアで使用しても）、それ程ポイントにはならないのだと思います。（そもそも、マイコンで取り扱う通信インタフェースは、通信速度があまり速くない。）
RAの場合、制約はないようですね。
お答えいただきありがとうございます。