EK-RA2A1のクイックスタートガイドに従って動作確認をしました。
最初はデバイスマネージャのポートに認識されており、ターミナルソフトでの通信確認もOKでした。
次に e2 studioを起動してサンプルソフト quickstart_ek-ra2a1_epを実施しようとしましたが、書込みでエラーが発生しました。
そのため、一旦ツールを終了し、再度やり直そうとしたところ、デバイスマネージャのポートに認識されなくなり、書込みしようとしても
デバイスが見つからずエラーになります。
復帰させる方法はありますか？
当該ボードは持っていないので、動作は確かめられませんが、
・J8ジャンパの1-3をショートさせる
・USB Deviceポートの方をPCに接続
上記とすると、PC上で
RA USB Boot(CDC) (COM?)
というデバイスが見える様になる（と思う）。
Renesas Flash Programmerを起動して、
ファイル－新しいプロジェクトを作成
マイクロコントローラ RAを選択
ツール COM portを選択
ツール詳細 COM?（デバイスマネージャで見えるCOM番号）を選択
「接続」を押す
接続に成功したら、ボードのリセット（重要）後に
サンプルプロジェクトの、Debugフォルダ内の、「プロジェクト名.srec」を選択して書き込み。
上記手順で、サンプルプログラムが書き込まれている状態に戻る…と思うのですが。（実際にやっていないので、自信はありませんが。）
（プログラム書き込み後は、J8は元に戻してください。）
tf さん
早々のアドバイスありがとうございます。
ちょっと処理が複雑なので、確認後、結果を連絡します。
USB DeviceポートをPCに接続してもデバイスマネージャーのポートにCOMが現れません。ケーブルを抜差ししても何も反応がありません。
J8は最初は "INTERNAL FLASH" の位置にジャンパが接続されています。tf さんのいう1-3をショートさせるというのは、 "SC/USB BOOT" 側にジャンパを接続するという事でよいですか？
BOOTローダーが壊れて、DEBUG側から対処する必要があるのかな？
>"SC/USB BOOT" 側にジャンパを接続するという事
合っています。
USBケーブルで接続した際に、LED2(POWER AVAILABLE LED)は点灯していますか？
（ボードに電源が供給されていますでしょうか？）
点灯しない場合は、別なケーブルでDEBUG USBポートとPCをつなぐ、TP3/TP4に5Vを供給する、などが必要です。
J8をBOOT側に設定＝ブートモード（ブートファームで起動）です。ユーザROMエリアに格納する一般的なブートローダとは異なり、ブートファームはユーザ側では消去できません。
ブートモードで接続できない場合は、セキュリティMPU領域（ユーザROMエリア内に存在）が書き換わった事が考えられます。
セキュリティMPU領域が（変に）設定されている場合、
ブートモード→接続できても消去でエラー
デバッガ接続→接続できても、消去・ユーザプログラムのロードでエラー
となり、かなり厄介です。
（デバッガモードで接続ができるのであれば、手順が面倒ですが復旧は可能です。）
＃RAは、ユーザROMエリア内に、変なデータを書くと詰む領域（セキュリティMPU）が配置されているのが、何で？って思ってます。
わわいです
デバイスマネージャを起動させといて抜き差ししたら、出たりなくなったりするやつはないでしょうか。
そういうのを見つけて、そいつを右クリックしてアンインストールしましょう。
それから改めて刺しなおしてみる、PCを再起動して刺しなおしてみる、などいろいろやってみましょう
tfさん、わわいさん アドバイスありがとうございます。
なかなかうまくいかないのでルネサスに問合せしてみました。おもったよりも（失礼！）迅速に返信いただき一部解決しました。
私の理解が間違っていました。最初にボードに書き込まれているサンプルソフトはDEVICE USBとPCが通信するのでけーブルをPCに接続するとPCは認識してデバイスマネージャーのポートにCOMとして表示されます。
その後、私がサンプルソフトのビルドを行いダウンロードしたところエラーが発生しました。そのため、ソフトは正常に動作せずPCに接続しても認識されません。
ルネサスのサポートで、簡単なソフト Blinky のプロジェクトを作成しビルド、ダウンロードを行いましたが、やはりダウンロードエラーが発生しました。その原因はコンパイラで、ビルド時にLLVMとGCCの2つが表示されており、デフォルトがLLVMになっていましたが、ルネサスのアドバイスでGCCでビルドしたところ問題無くダウンロードできました。また、当初デバッグボードの２つのUSBポートをPCに接続するため、PCのUSB-Cに、C to A 4ポートのハブを使っていましたが、ロード時はDEBUG USBのみ使うので、PCのUSB-Aに直接接続しました。ハブをかませたらダウンロード時に例外エラーが発生しました。
結局、ポートに認識されないのは書き込んだソフトが書込みエラーで正常に動作していなかっただけでした。だだ、その後簡単なプロジェクト作成した時もダウンロ―ドエラーが発生しましたが、その原因はコンパイラの違いによるものでした。
ポートが認識されないので、ダウンロードエラーが発生したと思いこんでしまっていました。ダウンロードは DEBUG USB ポートから行うので、デバイスマネージャーに J-Linkが見えていれば接続自体は問題ないという事でした。
色々とアドバイスありがとうございました。勉強不足で失礼しました。