231 や 671 などでアナログ回路が接続されているピンの MPC.PxxPFS の ASEL はいつ 1 にすれば最適でしょうか？
1. リセット解除直後、できるだけ迅速に (MSTPCRA や S12AD の初期化より先)
2. リセット解除直後 (は ASEL=0 のままとし) MSTPCRA や S12AD や S12AD1 の初期化一式が完了後
言い換えると
・回路的にデジタル入力としては中途半端な電圧がかかってしまう状況で ASEL=0 な時間が長時間あってよいか否か？
・その状況でデジタル入力部に貫通電流が流れないか？
・ S12AD のモジュールスタンバイ解除前に ASEL=1 にしてよいか（ハード的・ソフト的・両方の意味で）
という疑問です。
入力回路のところの ３入力OR は中途半端な電圧で問題ないか？
※ 231 や 671 ではほぼすべての入力端子がシュミットトリガ動作になっているので問題なさそうな気がしてきた・・・
62N とか 63T だとどうだったけ？
（この構成図だと ASEL=1 かつ PCR=1 は厳禁っスね）
スタンバイ解除やADCの初期化などは、一瞬（ミリ秒未満ぐらい？）で終わるので、どっちでも大差ない気もしますが、アナログ系の回路のスタンバイ解除前に、ASEL=1にしてはいけないという制約も見当たりませんので、感覚的には1が良い気がします。
入力が中間電位ならば、貫通電流は多少は生じるでしょう。
3入力ORは、ASEL=1ならば、PADが中間電位でも問題ないと思いますが（一般的には、pMOSが縦積み3段になっていて、どこかのpMOSのゲートにHが入っているので、他のゲートが中間電位でも電流は流れない）。
> ASEL=1 かつ PCR=1 は厳禁っスね
アナログ入力として使うのに、プルアアップでわざわざ電位を変えに行くのは意味不明ですが、厳禁という程でもない？
ちょっとだけ気になったのは、入力端子にいつ電位が入るのかという話です。
(1)マイコンVCC投入（リセット状態）
(2)入力端子に中間電位が印加される
(3)リセット解除
でしょうか。マイコンのVCCが入るまで、(2)が待ってくれる様な仕組みなのか、マイコンVCCと同じ系統の電源から(2)の電位が生成される仕組みなのか。（(2)が、マイコンVCC印加タイミングと無関係ならそもそもNGだし、リレーとか、アナログスイッチが付いていて、マイコンがスタンバってからスイッチをONする様な仕組みには出来ないのかなとか、ちょっと思いました。）