RX231マイコンをE1を使用してc言語でdebugしています。これをマイコン単体でプログラムを動作させると、意図した動作を行いません。Debug時にはロードモジュールのダウンロードは完了しているので一旦、マイコンとE1の電源を落とし、E1との接続ケーブルを外した後、マイコンの電源を入れて実行しました。接続の表示パネルとの通信（Modbus）は正常なのですが、単純なポート出力（例えばバルブのON/OFF）などが動作しません。
何が問題でしょうか？ 因みにFlashメモリのread/writeは、まだコード化していません。
それだけの情報では「単にバグっているのでは」としか。ハードウエア側のバグすら否定できないです（特定ポートだけうまく動かない＝そのポート関連の電源端子を配線忘れているとか、バルブの駆動回路が誤っているとか）
実機調査ができるのはあなたや同僚だけなのでもっといろいろ調べてみてください。
わわいです
デバッガでは動くのに実機では動かない、って場合は初期化のコードが不足している場合が多いです
デバッガで動作、書き込みする場合にはそれを動かすためにある程度の設定がされるんですが、ユーザのコードにそれがないと、デバッガがない状況でコケることになります